Tužilaštvo Brčko distrikta podiglo je optužnicu protiv suosnivača Evropskog univerziteta u Brčkom Nedeljka Stankovića zbog osnovane sumnje da je zloupotrijebio položaj osobe ovlaštene za njezino zastupanje.   

Stanković se tereti da je bez znanja ostalih osnivača 2011. godine uplatio povećanje vlasničkih uloga na način koji mu je kasnije omogućio potpuno preuzimanje vlasničkih i upravljačkih prava na Univerzitetu. 
 
Kako proizilazi iz istrage, on je u ovom postupku izvršio nezakonite promjene prava nad vlasničkim udjelima tako što je pri povećanju kapitala Univerziteta s dvije na pet hiljada, na svoje ime uplatio znatno veći iznos u odnosu na ostale suosnivače.
 
On je postupajući bez znanja ostalih suosnivača u svoje ime uplatio iznos od  1.900 KM,  dok je u ime svih ostalih suosnivača uplatio iznos od 1.100 KM. Tako je sebi pribavio korist u vidu povećanja vlastitog udjela s 55 posto na 60 posto što je istovremeno dovelo do umanjenja udjela ostalih suosnivača.
 
Osim zlopotrebe položaja u postupku povećanja osnovnog kapitala Evropskog univerziteta, Tužilaštvo Distrikta Stankovića tereti i za davanje lažnih podataka prilikom prijavljivanja prebivališta u Brčko distriktu  2012. godine.
 
 Naime, postoji osnovana sumnja da je u ovom postupku optuženi u propisanim obrascima  naveo da posjeduje državljanstvo BiH, iako mu je ono  prestalo 10 godina ranije odricanjem pred nadležnim ministarstvom BiH.
 
Nakon okončanja istrage u ovom slučaju, Tužilaštvo Distrikta optužilo je Stankovića za krivična djela zloporabe položaja  ili ovlaštenja i ovjeravanja neistinitog sadržaja.  

 Optužnicu za krivična djela Tužilaštvo je dostavilo na daljnji kazneni postupak nadležnom sudu, koji ju je u cjelosti potvrdio.